La Cancoillotte existerait selon la légende depuis 2000 ans en Franche-Comté. Fromage du pauvre, la Cancoillotte portait le nom de Fromage de ménage. On trouvait déjà de la Cancoillotte à l’époque de Charles Quint (XVI siècle). Cette spécialité fromagère est fabriquée exclusivement en Franche-Comté. Au XIXème siècle, les cultivateurs utilisaient le petit lait du lait écrémé en le laissant fermenter lentement à douce température. Ce grain était ensuite fondu avec un peu de beurre… pour devenir la Cancoillotte !
La Cancoillotte est avant tout le fromage du pays comtois, en particulier du bas pays (la Haute-Saône et les vallées) où le lait est abondant. Dans le Haut-Doubs et le Haut-Jura la fabrication d’autres fromages (comté, morbier, mont d’or, bleu de Gex, tome du Jura …) est privilégiée. Sa consommation est donc plus importante en Haute-Saône. La fabrication industrielle apparut lors de la 1ere guerre mondiale grâce à Laurent Raguin, qui la stérilisa et la conditionna dans des boîtes de fer blanc pour approvisionner les soldats francs-comtois du front. Cette initiative permit la diffusion de ce produit. Malgré tout, la Cancoillotte est consommée à 90 % en Franche-Comté.