La Saucisse de Morteau remonte au moins au XVIème siècle, lorsque les montagnons partaient à la conquête des forêts de sapins et d’épicéas des massifs jurassiens. Ils utilisaient le bois et construisaient des fermes dites « à tuyé », ils se chauffaient, cuisaient et fumaient leurs salaisons dans cette pièce-cheminée située au centre de la maison. La saucisse de Morteau faisait partie de l’alimentation proposée lors des repas dominicaux, repas de Noël… Puis la réputation et la consommation du produit se sont étendues en dehors de son berceau d’origine, diffusées par les marchands et voyageurs de passage à partir du XVIIIe siècle.
Aujourd’hui, la saucisse de Morteau est toujours fumée dans les tuyés, à la sciure de bois de résineux et de genévrier. Elle est également fabriquée à plus grande échelle de façon plus industrielle mais respecte toujours le procédé de fabrication. En 2012, la production de saucisses de Morteau approche 5000 tonnes/an et pèse un poids économique important pour la filière porcine régionale. L’appellation « saucisse de Morteau » bénéficie d’une Indication Géographique Protégée européenne depuis le 20 août 2010.