L’impression générale est celle d’un cheval de trait trapu, compact et dense, aux membres courts et puissants et de taille petite à moyenne soit une hauteur au garrot de 1,50 à 1,65 m pour un poids de 650 à 800 kg. Pour être admis à la reproduction, le cheval Comtois doit répondre à un standard morphologique et se faire apposer une marque sur le plat gauche de l’encolure au fer rouge, représentant les lettres T et C entrelacées, pour Trait Comtois, après passage devant une commission. L’apposition de la marque n’est possible que si les quatre grands-parents du cheval la portent également, et si l’animal répond aux objectifs de sélection.
Le cheval Comtois possède une robe baie avec des crins noirs à l’origine, qui forme quasiment l’unique couleur de robe de la race jusqu’à l’époque de la Seconde Guerre mondiale. La robe est désormais différente, caractérisée par une crinière et une queue de couleur jaune-argentée claire, ainsi que des fanons clairs qui frisent au niveau des tendons.
Endurant, résistant et rustique, le cheval Comtois est habitué aux conditions climatiques rigoureuses de sa région d’origine. Il n’exige que peu d’entretien et s’adapte à une grande variété de climats, ce qui le rend parfaitement adapté à l’exploitation des pâturages de montagne en plein air intégral. De plus, il est doux et docile, ce qui permet à ses éleveurs de pratiquer la monte en liberté, laissant l’étalon avec les juments sans intervention humaine, et sans risquer d’accident. Enfin, ce cheval est réputé pour vivre vieux.
Le Comtois est employé au débardage des bois et à divers travaux forestiers, notamment pour extraire les grumes des terrains difficiles ou délicats que le tracteur endommagerait. Malgré une certaine désaffection pour le débardage équin en France, le cheval Comtois est employé avec succès dans les zones périurbaines pour éviter le bruit et l’endommagement des sols par des engins. En agriculture, il arrive d’en voir attelés à des machines de labour, de hersage ou de fenaison, et dans l’entretien des vignes, essentiellement en agriculture biologique.
Le Comtois peut être monté en randonnée ou en loisir grâce à son calme, sa douceur, sa patience et sa taille relativement rassurante. Il est de ce fait employé en équithérapie, dans les centres de réadaptation pour handicapés ou personnes en difficultés, enfin, il tire des calèches pour le tourisme ou les mariages. La robe flatteuse du cheval Comtois lui vaut d’être mit en scène sur des spectacles.
L’élevage français reste traditionnellement présent sur les plateaux aux forêts de sapins du Doubs dans le massif jurassien, même s’il s’est étendu à toute la région franc-comtoise. Les herbages permettent d’y élever des chevaux de qualité.