L’Ain
L’Ain prend sa source à 681 mètres d’altitude (une exsurgence karstique) entre les villages de Conte et de La Favière (vers Champagnole et Nozeroy) pour se jeter dans le Rhône 190 kilomètres plus loin, à 186 m d’altitude, à Anthon (Isère).
2 ouvrages hydro-électriques ont été édifiés sur l’Ain dans le Jura, formant notamment le lac de retenue de Vouglans, le troisième plus important de France avec un volume de plus de 600 millions de m3 d’eau et une longueur de 35 kilomètres.
L’Ain est un cours d’eau très poissonneux (classé en première catégorie) où se pêchent la truite fario, l’ombre commun, le brochet, le corégone, la perche, etc.
De nombreux oiseaux peuplent les berges de la rivière, comme le canard, l’aigrette, le cygne, le héron, la bécassine. Des castors sont aussi présents, alors que sangliers et chevreuils se retrouvent dans les bois et forêts bordant le cours d’eau. La loutre est longtemps restée discrète mais les observations se multiplient depuis le début du siècle.
Le Doubs
Après être né à Mouthe et passé par Montbéliard et Besançon, le Doubs arrive dans le Jura par une plaine alluviale peu profonde insérée entre la forêt de Chaux et le bas plateau de la forêt d’Arne. Après avoir traversé Dole, point à partir duquel il passe en dessous d’une altitude de 200 m, il entame la dernière partie de son parcours en divaguant dans la plaine de la Saône par une succession de méandres et de bras-morts. Il reçoit la Loue, son principal affluent, puis l’Orain, puis se jette dans la Saône à Verdun-sur-le-Doubs, en Saône-et-Loire.
La Loue
Longue de 122 km, la Loue nait dans le Doubs, à Ouhans, dans une profonde reculée portant son nom. Elle arrive dans le Jura à Rennes-sur-Loue ; où elle reçoit les eaux de la Furieuse. La rivière sert de frontière entre le département du Doubs et celui du Jura jusqu’à Cramans. Ensuite, la vallée de la Loue s’élargit considérablement et prend le nom de Val d’Amour. Son cours devient plus large et rectiligne. Au niveau de Souvans, elle accueille les eaux de la Cuisance, son deuxième plus gros affluent. Elle conflue enfin avec le Doubs au niveau du parc naturel de l’île du Girard, à une dizaine de kilomètres au sud de Dole.
Le Dombief
De 11,1 kilomètres de longueur et classé en première catégorie pour la pêche, le Dombief prend sa source sur la commune de Saint-Pierre à 1 000 mètres d’altitude. Affluent de la Lemme, c’est-à-dire sous-affluent du Rhône par la Saine et l’Ain, il coule non loin du Belvédère des Quatre Lacs : lacs du petit Maclu, Grand Maclu, Ilay et Narlay.
Le Hérisson
Surnommé « le torrent aux trente et une cascades » , le Hérisson est un affluent de l’Ain, donc un sous-affluent du Rhône. De 21 km de longueur, il prend sa source au lac de Bonlieu, puis s’écoule rapidement sur le plateau du Frasnois avant de s’engager dans une reculée typique du Jura, créant ainsi les grandioses et réputées « Cascades du Hérisson ».
À la sortie des cascades, le Hérisson serpente ensuite dans une petite vallée glaciaire, traversant le lac du Val puis le lac de Chambly, avant de rejoindre l’Ain un peu plus loin. Naturellement, le Hérisson et sa vallée forment un « Site Naturel Classé » depuis 2002.
Le Flumen
Long de 4,1 km, le Flumen est situé dans le Haut-Jura, à l’est de Saint-Claude. Il est situé dans une vallée très encaissée profonde de plus de 500 m. Sa source est une résurgence alimentée par les eaux infiltrées de l’anticlinal des Hautes-Combes, située non loin du chapeau de Gendarme. Ses cascades sont particulièrement spectaculaires.
La Seille
La Seille prend sa source au fond de la reculée de Ladoye-sur-Seille, puis traverse le vignoble jurassien en arrosant Nevy-sur-Seille, Voiteur, Arlay avant d’atteindre la plaine agricole de Bletterans puis la Saône-et-Loire. Dans sa partie jurassienne, la Seille, longue de 100 km, est une tranquille rivière à truites, enjambée par 3 ponts classés monuments historiques : le vieux pont de Baume-les-Messieurs, le pont de Nevy-sur-Seille et le pont de Ruffey-sur-Seille.
La Cuisance
La Cuisance longue de 32,2 km, naît de 2 sources situées dans le fond de la reculée d’Arbois. La première source, la Petite, est située au fond du cirque du Fer à Cheval et se caractérise par d’importants dépôts de tuf dans la cascade éponyme (cascade des Tufs). La seconde, la Grande, est la grotte des Planches. Traversant Arbois en lui donnant ce charme si bucolique, la Cuisance est un affluent de la Loue, donc un sous-affluent du Doubs, puis la Saône et le Rhône…
Le Dard
Court de 2,1 km, le Dard prend sa source dans les Grottes de Baume-les-Messieurs, au fond de l’une des branches de la mythique reculée. Il crée la magnifique cascade de Baume-les-Messieurs puis rejoint la Seille dans le village, dans la zone de conjonction de trois branches de la reculée.
La Bienne
Avec 68,8 km de longueur, la Bienne est le plus important affluent de l’Ain (et donc un sous-affluent du Rhône). Elle prend sa source à Prémanon, dans la combe du mont Fier, à environ 1 085 m d’altitude, à proximité du GR 9. Il est possible de pêcher sur ce cours d’eau, mais les populations de poissons restent très faibles et fragiles.
La Valserine
Affluente du Rhône, la Valserine prend sa source au Col de la Faucille et est alimentée par de nombreux torrents provenant du Crêt de la Neige. Ne traversant que 2 communes du Haut-Jura (Lajoux et les Molunes), elle se distingue pour la qualité de ses eaux et de sa faune piscicole, lui faisant bénéficier à ce titre du label « Rivière Sauvage ».
L’Orbe
L’Orbe prend sa source au pied du Noirmont, dans le lac des Rousses (1 059 m). À la sortie de ce lac, en direction de Bois d’Amont, l’Orbe coule dans le même axe que le lac entre deux lignes de crêtes parallèles dans une vallée d’environ 15 km, dont environ 10 km dans la vallée de Joux en Suisse, avant de rejoindre le lac de Joux (1 004 m).
La Furieuse
La Furieuse, affluent de la Loue, donc sous-affluent du Rhône par le Doubs et la Saône, traverse Salins-les-Bains en prenant sa source à Faux Perrier, dans la commune de Point d’Héry. Son nom vient non pas de sa fougue comme on pourrait l’imaginer, mais d’un dérivé du latin « foriolus » signifiant « diarrhée »… Elle est appelée ainsi depuis le Moyen-Âge parce qu’elle débarrassait Salins des immondices, des excréments et des eaux ménagères de la cité…
Pour son passage dans Salins, le cours d’eau est en partie canalisé : il emprunte 2 conduits de 4 m de diamètre et 230 m de long, et une partie est injectée dans le gisement de sel gemme de la Grande saline de Salins-les-Bains, pour produire la saumure.
La Saine
La Saine à Foncine-le-Haut à 892 m d’altitude, pour se diriger vers Foncine-le-Bas, où elle crée les gorges de Malvaux, et reçoit le Bief de la Ruine et sa célèbre cascade. À proximité du village des Planches-en-Montagne, elle crée une faille spectaculaire d’environ 1 km de long, les gorges de la Langouette. Après 19 km de tumulte, elle conflue avec l’Ain au niveau de la localité de Syam. Paradis des pêcheurs, la Saine est un cours d’eau de première catégorie.